La FNAB, en tant qu’organisation portant la voix des producteurs biologiques, est bâtie autour de différents temps forts propres à la vie d’un réseau. Ces moments essentiels permettent de dégager des orientations qui sont l’expression d’une véritable volonté collective. Chaque décision est prise par les producteurs eux-mêmes, qui composent les différentes instances décisionnaires de la fédération.
Au quotidien, les « dossiers » sont pilotés par un responsable professionnel (un agriculteur ou une agricultrice référent(e) sur une thématique donnée) et une personne salariée (un ou une chargé(e) de mission) dont le travail est d’animer la réflexion, de faire circuler l’information, de consulter, et de mettre en forme les propositions et positions des agrobiologistes.
La FNAB est partenaire de la Fédération Nationale des cuma.